慢性甲狀腺炎，自體免疫抗體疾病治療指標，Anti-TPO、Anti-Tg這兩項抗原是在甲狀腺組織細胞發炎破壞釋出到循環中被辨視產生自體免疫抗體，而這兩種抗體長期作用會造成甲狀腺功能低下。

甲狀腺過氧化酶(TPO)存在於甲狀腺的濾泡細胞的頂端膜上，是一種內含原血紅素的醣苷基蛋白。甲狀腺過氧化酶是甲狀腺微小體抗原的主要成份，最主要的作用是催化甲狀腺球蛋白(Thyroglobulin)的酪胺基的碘化作用，合成T4、T3；出現抗甲狀腺過氧化酶自體抗體是甲狀腺自體免疫疾病的特徵之一。

Apo A是HDL主要蛋白質，低值預測CHD優於HDL-C。

上升於藥物及雌激素治療，Familial hyper-lipoproteinemia、體重減輕有關。

下降於肝膽疾病、慢性腎衰竭、以及冠狀動脈疾病A-lipoproteinemia、lipoprotein lipase cofactor deficiency。

Apo-B是LDL主要蛋白質，高值預測CHD優於LDL-C。

上升急性疾病、慢性腎衰竭、心絞痛、以及冠狀動脈心臟疾病，可能和Hyperlipoproteinemia Type IIa、IIb、IV、V有關。

下降於慢性貧血、肝細胞功能不全、酵素缺損或營養不良。

β2-Microglobulin是淋巴球上的小蛋白質，當淋巴球壽命變短，例如淋巴球性白血病、HIV的攻擊，就大量釋出到血液中。β2-Microglobulin由腎臟代謝，99%由腎小管回收，所以腎絲球過濾障礙時，血中濃度上升，腎小管吸收障礙時，血中濃度下降，尿液濃度上升。

CA 125是一種正常存在輸卵管、子宮內膜及子宮頸內的細胞表面醣蛋白。可作為卵巢癌偵測與治療監控指標，數值反應腫瘤大小之變化。

上升於100 % serous卵巢癌，44.7 %胃腸道癌，62 %肝癌，59 %肺癌，27 %乳癌轉移，27 %子宮內膜組織異位，15 %良性卵巢疾病，與月經週期可能有關的腫瘤標記有CA125、CA19-9、CA72-4，都是在月經初始時，可能上升三倍。

乳癌轉移與治療之指標，濃度變化超過25%，代表治療或再發有意義的變化。對於局限性、早期再復發的乳癌敏感度不足。

上升於68%乳癌，28%肝癌，70%肺癌，70%胰臟癌，44%直腸癌，50%攝護腺癌，50%卵巢癌，懷孕，哺乳，3%良性乳房腫瘤，SLE，肝炎，12%硬化，結核病。

CA 19-9是胃腸、肝膽系統腺癌出現的醣蛋白，上升於75%胰臟癌，44%肝癌，64 %膽管癌，90 %膽囊癌，43 %胃癌，36 %食道癌，34 %肺癌，26 %大腸直腸癌，27 %乳癌，33 %子宮內膜癌，25 %膀胱癌，86 %睾丸精細胞瘤，24 %胰臟炎，12 %慢性肝炎，12 %肝硬化，60 %膽道阻塞，文獻提到肺結核，氣喘等肺部疾病陽性率不低。

腫瘤相關醣蛋白-72，為人類乳癌轉移的細胞膜抗原，其中有重複的寡糖結構稱為CA 72-4。

CA 72-4在很多種表皮細胞的惡性腫瘤都可出現，包括大腸、直腸、胃、胰臟、卵巢、和乳房，因為它反映疾病的嚴重性，所以主要目的是在手術後偵測治療效果。

CEA是大腸直腸癌腫瘤標記，可以應用在預後、評估治療效果、辨識胃腸腺癌復發。

CEA上升於(>5.0 ng/mL)：45%肺癌，37%非小細胞肺癌，66%小腸，43%結腸直腸癌(早期10%)，35%胰臟癌，33%食道癌，17%胃癌(末期50%)，42%子宮頸癌(局部9%)，27%子宮癌，18%乳癌，膀胱癌33%，10%尿道癌，20%甲狀腺髓狀癌，10%肝癌。