甲狀腺過氧化酶(TPO)存在於甲狀腺的濾泡細胞的頂端膜上，是一種內含原血紅素的醣苷基蛋白。甲狀腺過氧化酶是甲狀腺微小體抗原的主要成份，最主要的作用是催化甲狀腺球蛋白(Thyroglobulin)的酪胺基的碘化作用，合成T4、T3；出現抗甲狀腺過氧化酶自體抗體是甲狀腺自體免疫疾病的特徵之一。

Apo A是HDL主要蛋白質，低值預測CHD優於HDL-C。

上升於藥物及雌激素治療，Familial hyper-lipoproteinemia、體重減輕有關。

下降於肝膽疾病、慢性腎衰竭、以及冠狀動脈疾病A-lipoproteinemia、lipoprotein lipase cofactor deficiency。

Apo-B是LDL主要蛋白質，高值預測CHD優於LDL-C。

上升急性疾病、慢性腎衰竭、心絞痛、以及冠狀動脈心臟疾病，可能和Hyperlipoproteinemia Type IIa、IIb、IV、V有關。

下降於慢性貧血、肝細胞功能不全、酵素缺損或營養不良。

β2-Microglobulin是淋巴球上的小蛋白質，當淋巴球壽命變短，例如淋巴球性白血病、HIV的攻擊，就大量釋出到血液中。β2-Microglobulin由腎臟代謝，99%由腎小管回收，所以腎絲球過濾障礙時，血中濃度上升，腎小管吸收障礙時，血中濃度下降，尿液濃度上升。

CA 125是一種正常存在輸卵管、子宮內膜及子宮頸內的細胞表面醣蛋白。可作為卵巢癌偵測與治療監控指標，數值反應腫瘤大小之變化。

上升於100 % serous卵巢癌，44.7 %胃腸道癌，62 %肝癌，59 %肺癌，27 %乳癌轉移，27 %子宮內膜組織異位，15 %良性卵巢疾病，與月經週期可能有關的腫瘤標記有CA125、CA19-9、CA72-4，都是在月經初始時，可能上升三倍。

乳癌轉移與治療之指標，濃度變化超過25%，代表治療或再發有意義的變化。對於局限性、早期再復發的乳癌敏感度不足。

上升於68%乳癌，28%肝癌，70%肺癌，70%胰臟癌，44%直腸癌，50%攝護腺癌，50%卵巢癌，懷孕，哺乳，3%良性乳房腫瘤，SLE，肝炎，12%硬化，結核病。

CA 19-9是胃腸、肝膽系統腺癌出現的醣蛋白，上升於75%胰臟癌，44%肝癌，64 %膽管癌，90 %膽囊癌，43 %胃癌，36 %食道癌，34 %肺癌，26 %大腸直腸癌，27 %乳癌，33 %子宮內膜癌，25 %膀胱癌，86 %睾丸精細胞瘤，24 %胰臟炎，12 %慢性肝炎，12 %肝硬化，60 %膽道阻塞，文獻提到肺結核，氣喘等肺部疾病陽性率不低。

腫瘤相關醣蛋白-72，為人類乳癌轉移的細胞膜抗原，其中有重複的寡糖結構稱為CA 72-4。

CA 72-4在很多種表皮細胞的惡性腫瘤都可出現，包括大腸、直腸、胃、胰臟、卵巢、和乳房，因為它反映疾病的嚴重性，所以主要目的是在手術後偵測治療效果。

CEA是大腸直腸癌腫瘤標記，可以應用在預後、評估治療效果、辨識胃腸腺癌復發。

CEA上升於(>5.0 ng/mL)：45%肺癌，37%非小細胞肺癌，66%小腸，43%結腸直腸癌(早期10%)，35%胰臟癌，33%食道癌，17%胃癌(末期50%)，42%子宮頸癌(局部9%)，27%子宮癌，18%乳癌，膀胱癌33%，10%尿道癌，20%甲狀腺髓狀癌，10%肝癌。

Ceruloplasmin是運送銅的蛋白質，也可以協助鐵的取用，是一種急性期反應物質，所以在壓力、懷孕、感染都會上升，這一個檢查最常使用在Wilson’s disease，因為肝臟製造Ceruloplasmin偏低，造成銅在組織的沉積，引起肝腦的傷害病變。