Acetylcholine作用在肌肉細胞膜上的AchR(受體)，當有抗體存在時會抑制兩者結合，也抑制肌肉的收縮。

在重症肌無力Myasthenia gravis急性期，這個抗體陽性率85-90%，其它自體免疫疾病分佈於0.0-0.5 nmole/L。

α1-antitrypsin主要功能在於保護體液成份，讓正在被處理掉的老舊細胞不要釋出蛋白質分解酵素。α1-抗胰蛋白酶是一種專門抑制絲胺酸蛋白酶的蛋白酶抑制劑。遺傳性α1-抗胰蛋白酶缺乏症，以及在急性期反應的數值升高現象，都和特定症狀相關。

肝細胞複製時分泌的球蛋白α-Fetoprotein可應用在肝癌偵測，監控療效及復發的測定。病毒性肝炎急性期，超過50%會上升，代表疾病的嚴重性，但也反應肝細胞的複製，病情復原的開始。肝癌有80%會上升，超過500 ng/mL的濃度，97%是肝癌，治療再復發濃度會更高，有80%在一年內會復發。其它腫瘤也有上升的機會：60%的卵巢或睪丸惡性畸胎瘤，53%膀胱癌，8%胃癌。良性的肝臟疾病，例如慢性肝炎或肝硬化，陽性率大約10-20%。

Basement Membrane Zone Antibodies屬於自體抗體，存在皮膚及粘膜的基底膜帶，可輔助診斷類天皰性天皰瘡。類天皰瘡這是一種自體免疫的水皰病，身體產生了對抗在真皮連接處抗原的抗體，而引發免疫反應，其特徵為全身皮膚起皰，好發於中年以後。

β2醣蛋白I又名脂蛋白原H(Apolipoprotein H、Apo-H、β2GPI)是一種分子量為54 kDa蛋白質的血清輔因子，具有抑制內在凝血途徑的作用，與血液凝固的調節、抗磷脂症候群的流產有關。抗心脂抗體的作用活性需要β2醣蛋白I，產生抗β2醣蛋白I抗體，自體免疫疾病的硬化、狼瘡在臨床上表現栓塞特徵與此抗體明顯相關。

SLE，類風溼疾病，systemic sclerosis，Sjogren，重症肌無力，自體免疫疾病，都有可能造成陽性抗體反應。這一個檢查是檢驗雙股DNA抗體，也可以用來偵測SLE的惡化(高濃度上升)與舒緩(titer下降)。Procainamide與hydralazine可能引起anti-DNA抗體。

ENA，Extractable nuclear antigen使用在分辨各類自體免疫疾病，抗體效價的改變反應治療的效果。通常在ANA(HEp-2)產生幾種螢光型態：
Speckled pattern：RNP-A、RNP-B、Sm、SmRNP、SS-A 60、SS-A 52、SS-B
Homogeneous pattern：Chromatin、dsDNA

Gastric parietal cell是胃壁表皮細胞，分泌胃酸來消化蛋白質，在惡性貧血及其它胃部疾病的病人產生自體免疫抗體，Anti-gastric parietal cell antibodies，也常常發現在其它自體免疫疾病的病人身上、2%的正常孩童及20%的年長者。