痢疾阿米巴主要寄生於腸道，大部份感染者症狀不明顯，但痢疾阿米巴可能侵入宿主的腸壁組織，引發腸道症狀，輕微者腹部不適、間歇性下痢或便秘，重者伴隨發燒、寒顫、血便或黏液軟便，此外，也可能發生次發性腸外感染，其中以肝膿瘍(liver abscess)最為普遍，更甚者為肺膿瘍或腦膿瘍等。

化學法糞便潛血反應，應用於消化性潰瘍、腫瘤、胃腸道發炎、出血，受測者應在24-48小時，避免食用過量肉類，家禽，魚類，綠葉蔬菜，高過氧化酵素的蔬菜：香蕉、甜菜、花椰菜、香瓜、葡萄、horseradish、蘑菇、防風草根、蘿蔔，這些食物可能造成偽陽性。過量的維它命C可能造成偽陰性。

通常是未知原因的腹瀉，需要糞便寄生蟲觀察，包括原蟲、阿米巴、以及經由汙染的食物飲水傳染的胃腸道寄生蟲。避免傳染的原則：食物煮熟、開水要滾，以及隨時洗手

阿米巴性痢疾屬於第二類法定傳染病，應通報疑似病例。

胃腸道出血、發炎、潛血、寄生蟲、及消化評估的糞便常規鏡檢。

成年人每天約為100至200克糞便，在吸收不良的情況下排便量會大於1200克。通常糞便為褐色，由糞膽素stercobilin所造成，而糞便顏色易受飲食、食物色素、藥物及糞便中血液所影響。新生嬰兒，因腸內尚未建立正常菌叢，糞便顏色為黃色至黃綠色。

痢疾阿米巴原蟲(E.histolytica)和類痢疾阿米巴原蟲(E. dispar)是感染腸道的寄生蟲，約有10％感染的是有致病性的E.histolytica，並發展成結腸炎和肝膿腫而導致每年約有40000～120000人死亡，但E. dispar與結腸炎或肝膿腫無關。

幽門螺旋桿菌發現於慢性胃炎的病患，與胃潰瘍、十二指腸潰瘍的生理病理變化相關，也與胃癌、胃淋巴腫瘤有關。檢驗糞便中的幽門螺旋桿菌抗原可以輔助確認是否感染過。