ENA，Extractable nuclear antigen使用在分辨各類自體免疫疾病，抗體效價的改變反應治療的效果。通常在ANA(HEp-2)產生幾種螢光型態：
Speckled pattern：RNP-A、RNP-B、Sm、SmRNP、SS-A 60、SS-A 52、SS-B
Homogeneous pattern：Chromatin、dsDNA

Gastric parietal cell是胃壁表皮細胞，分泌胃酸來消化蛋白質，在惡性貧血及其它胃部疾病的病人產生自體免疫抗體，Anti-gastric parietal cell antibodies，也常常發現在其它自體免疫疾病的病人身上、2%的正常孩童及20%的年長者。

抗腎小管基底膜抗原之循環抗體主要在近端小管區域反應。它們可在不同形式的腎炎中被發現，包括移植後之排斥反應，並可協助腎小管間質性疾病的鑑別診斷。陽性結果與glomerulonephritis (Crescentic)、Goodpasture (necrotizing glomerulonephritis and hemorrhagic pneumonitis) 古 德 帕 斯 氏 症 候 群有密切關係

協助診斷天皰瘡(Pemphigus)，及類天皰瘡(Pemphigoid)，這是一種自體免疫疾病，在皮膚及黏膜產生水皰狀，原因不明，發生在中、老年人。第一次病害發生在嘴部或頭皮，續發於裂開侵蝕的部位，自體免疫抗體造成表皮細胞的分離。Pemphigoid疾病活化及舒解與抗體相關。使用藥物如penicillamine or captopril也有可能引發Pemphigus。

原發性膽汁性肝硬化診斷，自體免疫疾病，大於20X建議是PBC，雖然大於80X強烈建議最好加上肝功能生化檢查檢。

Anti-Mullerian hormone(抗穆勒氏管荷爾蒙)簡稱AMH，是一種醣蛋白，由卵巢小卵泡分泌，小卵泡數目越多，血清濃度越高，是預測卵巢功能的工具，對於卵巢庫存具有指標性的意義。檢驗數值與取卵數、懷孕率、卵巢過度刺激症候群發生率、多囊性卵巢症候群成正相關。

ANCA測定全身性的血管炎，作為診斷及治療效果的評估。

使用乙醇固定的中性球，表現在細胞質(cytoplasmic)的螢光稱為c-ANCA，測定serine protease 3協助診斷Wegener’s granulomatosis(肉芽腫)；

系統性紅斑性狼瘡是一種慢性炎症性疾患，發病以育齡期婦女佔比例最高，它可侵犯到許多的器官和系統，因此在臨床方面可以表現出許多種症狀。

慢性活動性(lupoid)肝炎，自體免疫肝臟疾病，肝細胞腫瘤、肝硬化。

鏈球菌感染溶血素抗體，上升於風溼熱，腎小球腎炎，活動性關節炎，scarlet fever。

Group A β-hemolytic streptococci感染後上升於第7天，高值3-5星期，6-12個月以內可以慢慢回復到正常值內。