Acetylcholine作用在肌肉細胞膜上的AchR(受體)，當有抗體存在時會抑制兩者結合，也抑制肌肉的收縮。

在重症肌無力Myasthenia gravis急性期，這個抗體陽性率85-90%，其它自體免疫疾病分佈於0.0-0.5 nmole/L。

α1-antitrypsin主要功能在於保護體液成份，讓正在被處理掉的老舊細胞不要釋出蛋白質分解酵素。α1-抗胰蛋白酶是一種專門抑制絲胺酸蛋白酶的蛋白酶抑制劑。遺傳性α1-抗胰蛋白酶缺乏症，以及在急性期反應的數值升高現象，都和特定症狀相關。

肝細胞複製時分泌的球蛋白α-Fetoprotein可應用在肝癌偵測，監控療效及復發的測定。病毒性肝炎急性期，超過50%會上升，代表疾病的嚴重性，但也反應肝細胞的複製，病情復原的開始。肝癌有80%會上升，超過500 ng/mL的濃度，97%是肝癌，治療再復發濃度會更高，有80%在一年內會復發。其它腫瘤也有上升的機會：60%的卵巢或睪丸惡性畸胎瘤，53%膀胱癌，8%胃癌。良性的肝臟疾病，例如慢性肝炎或肝硬化，陽性率大約10-20%。

Basement Membrane Zone Antibodies屬於自體抗體，存在皮膚及粘膜的基底膜帶，可輔助診斷類天皰性天皰瘡。類天皰瘡這是一種自體免疫的水皰病，身體產生了對抗在真皮連接處抗原的抗體，而引發免疫反應，其特徵為全身皮膚起皰，好發於中年以後。

β2醣蛋白I又名脂蛋白原H(Apolipoprotein H、Apo-H、β2GPI)是一種分子量為54 kDa蛋白質的血清輔因子，具有抑制內在凝血途徑的作用，與血液凝固的調節、抗磷脂症候群的流產有關。抗心脂抗體的作用活性需要β2醣蛋白I，產生抗β2醣蛋白I抗體，自體免疫疾病的硬化、狼瘡在臨床上表現栓塞特徵與此抗體明顯相關。

SLE，類風溼疾病，systemic sclerosis，Sjogren，重症肌無力，自體免疫疾病，都有可能造成陽性抗體反應。這一個檢查是檢驗雙股DNA抗體，也可以用來偵測SLE的惡化(高濃度上升)與舒緩(titer下降)。Procainamide與hydralazine可能引起anti-DNA抗體。

ENA，Extractable nuclear antigen使用在分辨各類自體免疫疾病，抗體效價的改變反應治療的效果。通常在ANA(HEp-2)產生幾種螢光型態：
Speckled pattern：RNP-A、RNP-B、Sm、SmRNP、SS-A 60、SS-A 52、SS-B
Homogeneous pattern：Chromatin、dsDNA

Gastric parietal cell是胃壁表皮細胞，分泌胃酸來消化蛋白質，在惡性貧血及其它胃部疾病的病人產生自體免疫抗體，Anti-gastric parietal cell antibodies，也常常發現在其它自體免疫疾病的病人身上、2%的正常孩童及20%的年長者。

抗腎小管基底膜抗原之循環抗體主要在近端小管區域反應。它們可在不同形式的腎炎中被發現，包括移植後之排斥反應，並可協助腎小管間質性疾病的鑑別診斷。陽性結果與glomerulonephritis (Crescentic)、Goodpasture (necrotizing glomerulonephritis and hemorrhagic pneumonitis) 古 德 帕 斯 氏 症 候 群有密切關係

協助診斷天皰瘡(Pemphigus)，及類天皰瘡(Pemphigoid)，這是一種自體免疫疾病，在皮膚及黏膜產生水皰狀，原因不明，發生在中、老年人。第一次病害發生在嘴部或頭皮，續發於裂開侵蝕的部位，自體免疫抗體造成表皮細胞的分離。Pemphigoid疾病活化及舒解與抗體相關。使用藥物如penicillamine or captopril也有可能引發Pemphigus。

原發性膽汁性肝硬化診斷，自體免疫疾病，大於20X建議是PBC，雖然大於80X強烈建議最好加上肝功能生化檢查檢。

Anti-Mullerian hormone(抗穆勒氏管荷爾蒙)簡稱AMH，是一種醣蛋白，由卵巢小卵泡分泌，小卵泡數目越多，血清濃度越高，是預測卵巢功能的工具，對於卵巢庫存具有指標性的意義。檢驗數值與取卵數、懷孕率、卵巢過度刺激症候群發生率、多囊性卵巢症候群成正相關。

ANCA測定全身性的血管炎，作為診斷及治療效果的評估。

使用乙醇固定的中性球，表現在細胞質(cytoplasmic)的螢光稱為c-ANCA，測定serine protease 3協助診斷Wegener’s granulomatosis(肉芽腫)；

系統性紅斑性狼瘡是一種慢性炎症性疾患，發病以育齡期婦女佔比例最高，它可侵犯到許多的器官和系統，因此在臨床方面可以表現出許多種症狀。

慢性活動性(lupoid)肝炎，自體免疫肝臟疾病，肝細胞腫瘤、肝硬化。

鏈球菌感染溶血素抗體，上升於風溼熱，腎小球腎炎，活動性關節炎，scarlet fever。

Group A β-hemolytic streptococci感染後上升於第7天，高值3-5星期，6-12個月以內可以慢慢回復到正常值內。

慢性甲狀腺炎，自體免疫抗體疾病治療指標，Anti-TPO、Anti-Tg這兩項抗原是在甲狀腺組織細胞發炎破壞釋出到循環中被辨視產生自體免疫抗體，而這兩種抗體長期作用會造成甲狀腺功能低下。

甲狀腺過氧化酶(TPO)存在於甲狀腺的濾泡細胞的頂端膜上，是一種內含原血紅素的醣苷基蛋白。甲狀腺過氧化酶是甲狀腺微小體抗原的主要成份，最主要的作用是催化甲狀腺球蛋白(Thyroglobulin)的酪胺基的碘化作用，合成T4、T3；出現抗甲狀腺過氧化酶自體抗體是甲狀腺自體免疫疾病的特徵之一。

Apo A是HDL主要蛋白質，低值預測CHD優於HDL-C。

上升於藥物及雌激素治療，Familial hyper-lipoproteinemia、體重減輕有關。

下降於肝膽疾病、慢性腎衰竭、以及冠狀動脈疾病A-lipoproteinemia、lipoprotein lipase cofactor deficiency。

Apo-B是LDL主要蛋白質，高值預測CHD優於LDL-C。

上升急性疾病、慢性腎衰竭、心絞痛、以及冠狀動脈心臟疾病，可能和Hyperlipoproteinemia Type IIa、IIb、IV、V有關。

下降於慢性貧血、肝細胞功能不全、酵素缺損或營養不良。

β2-Microglobulin是淋巴球上的小蛋白質，當淋巴球壽命變短，例如淋巴球性白血病、HIV的攻擊，就大量釋出到血液中。β2-Microglobulin由腎臟代謝，99%由腎小管回收，所以腎絲球過濾障礙時，血中濃度上升，腎小管吸收障礙時，血中濃度下降，尿液濃度上升。

CA 125是一種正常存在輸卵管、子宮內膜及子宮頸內的細胞表面醣蛋白。可作為卵巢癌偵測與治療監控指標，數值反應腫瘤大小之變化。

上升於100 % serous卵巢癌，44.7 %胃腸道癌，62 %肝癌，59 %肺癌，27 %乳癌轉移，27 %子宮內膜組織異位，15 %良性卵巢疾病，與月經週期可能有關的腫瘤標記有CA125、CA19-9、CA72-4，都是在月經初始時，可能上升三倍。

乳癌轉移與治療之指標，濃度變化超過25%，代表治療或再發有意義的變化。對於局限性、早期再復發的乳癌敏感度不足。

上升於68%乳癌，28%肝癌，70%肺癌，70%胰臟癌，44%直腸癌，50%攝護腺癌，50%卵巢癌，懷孕，哺乳，3%良性乳房腫瘤，SLE，肝炎，12%硬化，結核病。

CA 19-9是胃腸、肝膽系統腺癌出現的醣蛋白，上升於75%胰臟癌，44%肝癌，64 %膽管癌，90 %膽囊癌，43 %胃癌，36 %食道癌，34 %肺癌，26 %大腸直腸癌，27 %乳癌，33 %子宮內膜癌，25 %膀胱癌，86 %睾丸精細胞瘤，24 %胰臟炎，12 %慢性肝炎，12 %肝硬化，60 %膽道阻塞，文獻提到肺結核，氣喘等肺部疾病陽性率不低。

腫瘤相關醣蛋白-72，為人類乳癌轉移的細胞膜抗原，其中有重複的寡糖結構稱為CA 72-4。

CA 72-4在很多種表皮細胞的惡性腫瘤都可出現，包括大腸、直腸、胃、胰臟、卵巢、和乳房，因為它反映疾病的嚴重性，所以主要目的是在手術後偵測治療效果。

CEA是大腸直腸癌腫瘤標記，可以應用在預後、評估治療效果、辨識胃腸腺癌復發。

CEA上升於(>5.0 ng/mL)：45%肺癌，37%非小細胞肺癌，66%小腸，43%結腸直腸癌(早期10%)，35%胰臟癌，33%食道癌，17%胃癌(末期50%)，42%子宮頸癌(局部9%)，27%子宮癌，18%乳癌，膀胱癌33%，10%尿道癌，20%甲狀腺髓狀癌，10%肝癌。

Ceruloplasmin是運送銅的蛋白質，也可以協助鐵的取用，是一種急性期反應物質，所以在壓力、懷孕、感染都會上升，這一個檢查最常使用在Wilson’s disease，因為肝臟製造Ceruloplasmin偏低，造成銅在組織的沉積，引起肝腦的傷害病變。

Chlamydia psittaci及Chlamydia trachomatis感染，與lymphogranuloma venereum (LGV霍奇金氏病)有關。LGV是感染Chlamydia trachomatis血清型L1、L2、L3引起局部淋巴結腫大的疾病。